Les meilleurs logiciels de modélisation moléculaire 3D pour la chimie en 2024

Logiciel de modélisation moléculaire #1: ChemDoodle

ChemDoodle est un logiciel permettant de travailler sur des graphiques, spécifiquement dans le domaine de la chimie. Ce logiciel de modelisation moléculaire est un des meilleurs sur le marché. Il est très intuitif et peut aussi bien être utilisé par des étudiants que par des ingénieurs chimistes. Il peut créer des structures 3D avec une grande qualités, mais aussi avec rapidité. ChemDoodle permet de travailler le mécanisme réactionnel en temps réel.

Ce logiciel possède des outils appelés « Widgets ». Ces petites applications permettent d’accomplir des tâches diverses afin de créer des graphiques de molécules. Il peut s’agir du calcul de masse moléculaire, d’analyse, ou de recherche de données pour des structure chimiques. De plus, ChemDoodle propose une plateforme de visualisation, appelée ChemDoodle 3D, permettant de transformer des structures chimiques 2D en modèles 3D.

Ce logiciel est compatible avec Windows, Mac OS X et Linux. Il est également disponible sur smartphone, permettant de transférer vos designs 3D entre ordinateur et téléphone.

Logiciel de modélisation moléculaire #2: Hypercube

Hypercube est un logiciel de modélisation moléculaire utilisés par de nombreux chimistes pour ses nombreuses fonctionnalités, ainsi que sa facilité d’utilisation. La suite de logiciels est appelée « HyperChem ». « HyperChem » permet d’utiliser diverses fonctions liées au design 3D en chimie, comme la simulation de protéines, la modélisation moléculaire, la visualisation moléculaire, le calcul de structures chimiques et d’autres opérations en rapport avec la bio-informatique.

Hypercube offre différents logiciels spécialisés dans la modélisation moléculaire, en rapport, peut-être, avec votre domaine d’activité. Un d’eux est par exemple le logiciel « HyperProtein », qui se concentre sur la modélisation de protéines. Outre les fonctionnalités liées à la modélisation et à la simulation que peut déjà apporter HyperChem, d’autres logiciels sont consacrés à l’alignement de séquences ou à la construction d’un arbre généalogique pour les familles de protéines.

Logiciel de modélisation moléculaire #3: Avogadro

Voici un autre logiciel pour la chimie que vous pourriez adopter, il est par ailleurs reconnu pour sa simplicité d’utilisation: Avogadro.

Avogadro est un logiciel permettant d’importer des fichiers spécifiques à la chimie. Il est utilisé dans de nombreux domaines scientifiques, comme la chimie numérique, la modélisation moléculaire, et la science des matériaux. Ce logiciel aussi bien apprécié des étudiants que des chimistes expérimentés. Un des avantages clés de ce logiciel, c’est qu’il offre une bonne qualité de rendu, ainsi que des outils d’éditions pratiques pour travailler sur les molécules.

Logiciel de modélisation moléculaire #4: ChemAxon

ChemAxon est un logiciel permettant de représenter des structures chimiques, ce qui peut vous intéresser si vous êtes ingénieur chimiste ou même étudiant dans le domaine de la chimie. Ce logiciel a deux grandes fonctions, situées dans deux applications différentes. La première est appelée « Standardizer », et vous aidera à convertir vos structures chimiques en représentions 3D moléculaires. En plus des actions prédéfinies proposées par cette fonctionnalité, l’utilisateur est libre d’en ajouter de nouvelles par lui-même. L’autre fonction clé de ce logiciel est appelée « Structure Checker ». Elle offre la possibilité d’éditer et de modifier tout problèmes que vous pourriez avoir avec la structure moléculaire. Ce logiciel propose des solutions automatiquement, une fois le problème repéré.

“Structure Checker” est très utile, permettant de trouver les données incorrectes, notamment lorsqu’une molécule est ajoutée dans l’espace de dessin.

“Standardizer” feature – chemaxon

“Structure Checker” feature – chemaxon

Logiciel de modélisation moléculaire #5: BIOVIA Draw

BIOVIA Draw est un logiciel de dessin, s’adressant principalement aux chimistes et plus largement, aux professionnels du secteur de la chimie. Il propose aux scientifiques de nombreux outils de dessins et de modélisation pour dessiner et modifier des molécules complexes, des réactions chimiques et des séquences biologiques. Son interface est facile à prendre en main, et offre la possibilité de visualiser, communiquer et archiver de nombreuses informations scientifiques.